Le Sanctuaire
Le sanctuaire est une chapelle reliquaire à structure elliptique à l'intérieur, clairement baroque avec une décoration rococo, qui a été construite pour rassembler en un seul espace toutes les reliques qui étaient dispersées dans le monastère. La date de sa construction est incertaine, mais elle se situe certainement au cours du XVIIIe siècle. De sa structure, nous soulignons les fenêtres, le lustre en verre jaune, rouge et vert (XVIIIe siècle), qui complète la lumière naturelle et accentue la luminosité de la composition, le pavement (aux fortes potentialités "illusionnistes" (par la création d’une illusion d’optique) et le retable principal.
Ce sanctuaire contient des reliques de différentes époques, dont les figures les plus chères à l'idéologie chrétienne – papes, évêques, apôtres, martyrs et divers saints.
Parmi les nombreuses reliques que l'on peut trouver ici, il faut souligner celles des martyrs du Maroc (arrivés au monastère en 1220) et de saint Théoton (premier prieur du monastère et premier saint portugais) qui se trouvent dans de petits coffres reliquaires décorés de sculptures en bois doré et placés, judicieusement, au milieu de la chapelle, respectivement à gauche et à droite.
Toutes les pièces de ce sanctuaire sont des reliquaires, dont 12 pyramides à 4 côtés, représentant les 12 mois de l'année et les 4 semaines de chaque mois. Dans ces pyramides, les reliques étaient placées en tenant compte du mois et de la semaine de décès du saint dont elles contiennent les reliques.
Cet espace est probablement l'un des plus frappants et des plus symboliques du monastère de Santa Cruz, bien que tous les espaces de ce monastère soient chargés d’un fort symbolisme religieux.