Sacristia
La sacristie, datant de 1622, est d'architecture maniériste et conçue par Pedro Tinoco. La sacristie du monastère de Santa Cruz est probablement la plus grande du Portugal. L'énorme fenêtre au sommet lui confère une luminosité extraordinaire, de même que les extraordinaires boîtes octogonales qui remplissent le plafond voûté et le sol en pierre bicolore.
D'autres objets importants font également partie de la riche collection, comme le précieux Miroir avec un cadre du XVIIIe siècle et les énormes images en bois à côté de la Croix: Notre Dame et Saint Jean l'Évangéliste, et sur le côté opposé, celle de Santa Gúdula et Santa Gertrudes, toutes du XVIIIe siècle.
On peut y voir le coffre en bois exotique du Brésil et décoré d'ivoire, datant du XVIIe siècle, ainsi que l’armoire de sacristie (qui servait pour garder les amicts), encastré dans le mur est, qui porte l'emblématique Croix tenue par deux anges, et où se trouvent encore quelques tables en ivoire identifiant les noms de certains de ses derniers utilisateurs Crúzios (nom sous lequel étaient connus les frères du monastère).
Sur les murs recouverts de carreaux du XVIIe siècle, on trouve des peintures sur bois du début du XVIe siècle - notamment "Le Pentecôte" de Grão Vasco, "Ecce Homo" et "Le Calvaire", « La Vierge" et les "Saintes Femmes" de Cristóvão de Figueiredo, deux des meilleurs peintres du XVIe siècle. "La Descente de Croix", une peinture du XVIIIe siècle attribuée à André Gonçalves, est également magnifique.
Il y a aussi des peintures de Garcia Fernandes.
Il y a également de grandes sculptures en bois datant du 17ème siècle - la Crucifixion avec Christ, La Vierge et Saint Jean, ainsi que Sainte Gudula et Sainte Gertrude, deux saints de l'ordre d'Augustin.
La maison voûtée du lavabo se trouve sur le côté est de la sacristie et est couverte de tuiles du 17ème siècle.