Le musée d'art sacré contient des pièces très précieuses qui font partie du trésor du monastère de Santa Cruz. Parmi les pièces maîtresses, citons la Chasuble ayant appartenu aux Martyrs du Maroc, en tissu d'origine mauresque, datant du 13e siècle, ainsi que des vêtements du 18e siècle, brodés au fil d'or, et aussi des instruments liturgiques.

 

Dans la chapelle dite du Trésor se trouve un buste reliquaire en argent (daté de 1610) contenant le crâne de saint Théoton (visible à travers le cristal du "coffre"), l'un des fondateurs du monastère et son premier prieur et premier saint portugais (il a été canonisé en 1163, un an après sa mort).

 

Ce reliquaire est flanqué de deux bustes reliquaires plus petits, également en argent (datés de 1510) avec les reliques des Martyrs du Maroc.