Universidad Henriquina
Aunque la idea original de la creación de la segunda universidad del Reino perteneció a al rey D. João III, le correspondió al Cardenal D. Henrique su realización.
Con la aprobación del Papa Pablo IV, expresada en la bula Cum a nobisde abril de 1559, se creó la nueva Universidad, con derecho a enseñar Filosofía, Moral, Escritura, Teología especulativa, retórica y Humanidades, lo que sitúa plenamente a esta Universidad en el marco tradicional contrarreformista de las instituciones católicas europeas de enseñanza superior, gran parte de las cuales, por lo demás, están controladas por los jesuitas. Sin embargo, no podía enseñar Medicina, Derecho Civil y la parte contenciosa del Derecho Canónico.En el reinado de Mons. Pedro II se introdujo la enseñanza de las Matemáticas, abarcando materias tan variadas, como la Geografía, la Física, o la Arquitectura Militar, si es necesario.
La Universidad de Évora fue inaugurada el 1 de noviembre de 1559 como Universidad del Espíritu Santo. Fue entregado a la Compañía de Jesús, que la dirigió durante dos siglos.
El prestigio de la Universidad de Évora durante los dos siglos de su primera fase de existencia se confundió con el prestigio y el valor científico de sus docentes. A ella estuvieron vinculados nombres relevantes de la cultura portuguesa y española.
En 1759 fue clausurada por orden del Marqués de Pombal, con motivo de la expulsión de los jesuitas.
A partir de la segunda mitad del siglo XIX, se instaló en el noble edificio henriquino el Liceo de Évora, al que la reina Doña María II concedió la prerrogativa del uso de "capa y sotana", en atención a la tradición universitaria de la ciudad y del edificio.
En 1973, por decreto del entonces ministro de Educación, José Veiga Simão, se creó el Instituto Universitario de Évora, que se extinguió en 1979, para dar lugar a la nueva Universidad de Évora.
