Santuario
El santuario es una capilla relicario con una estructura elíptica en el interior, claramente barroca con decoración rococó, que se construyó para reunir en un solo espacio todas las reliquias que estaban dispersas por el monasterio. La fecha de su construcción es incierta, pero seguramente fue durante el siglo XVIII. De su estructura, destacamos las ventanas, la araña de cristal amarillo, rojo y verde (siglo XVIII), que complementa la luz natural y acentúa la luminosidad de la composición, el pavimento con altas potencialidades "ilusionistas" (mediante la creación de una ilusión óptica) y el retablo mayor.
Este santuario contiene reliquias de diversas épocas, entre las que se encuentran las figuras más queridas por el ideario cristiano: papas, obispos, apóstoles, mártires y diversos santos.
De las muchas reliquias que se pueden encontrar aquí, destacamos las de los Mártires de Marruecos (que llegaron al Monasterio en 1220) y las de San Teotonio de Coimbra (el primer Prior del Monasterio y el primer Santo portugués) que se encuentran dentro de pequeñas arcas relicario decoradas con tallas de madera dorada y colocadas, sensiblemente, en el centro de la capilla, a la izquierda y a la derecha, respectivamente.
Todas las piezas de este santuario son relicarios, incluyendo 12 pirámides de 4 lados, que representan los 12 meses del año y las 4 semanas de cada mes. En estas pirámides se colocaban las reliquias teniendo en cuenta el mes y la semana de la muerte del santo cuyas reliquias contienen.
Este espacio es probablemente uno de los más llamativos y de mayor simbolismo religioso del Monasterio de Santa Cruz, aunque todos los espacios de este monasterio están llenos de simbolismo religioso.