El Museo de Arte Sacro contiene algunas piezas muy valiosas que forman parte del Tesoro del Monasterio de Santa Cruz. Destaca la Casulla que perteneció a los Mártires de Marruecos, en tejido de origen morisco, que data del siglo XIII, y también algunos ornamentos, del siglo XVIII, bordados con hilo de oro, así como algunos utensilios litúrgicos.

 

 

En la llamada Capilla del Tesoro hay un busto relicario de plata (que datan de 1610) que contiene el cráneo de San Teotonio de Coimbra (visible a través del cristal del "cofre"), uno de los fundadores del Monasterio y su primer prior y primer santo portugués (fue canonizado en 1163, un año después de su muerte).

 

Este relicario está flanqueado por dos bustos relicarios más pequeños, también de plata (que datan de 1510) con las reliquias de los Mártires de Marruecos.