Universidade Henriquina
Ainda que a ideia original de criação da segunda universidade do Reino, tenha pertencido a D. João III, coube ao Cardeal D. Henrique a sua concretização.
Com a anuência do Papa Paulo IV, expressa na bula Cum a nobisde Abril de 1559, foi criada a nova Universidade, com direito a lecionar Filosofia, Moral, Escritura, Teologia Especulativa, Retórica e Humanidades, o que insere plenamente esta Universidade no quadro tradicional contrarreformista das instituições católicas europeias do ensino superior, grande parte das quais, aliás, controladas pelos jesuítas. Não podia, contudo, lecionar Medicina, o Direito Civil e a parte contenciosa do Direito Canónico.No reinado de D. Pedro II, viria a ser introduzido o ensino das Matemáticas, abrangendo matérias tão variadas, como a Geografia, a Física, ou a Arquitetura Militar.
A Universidade de Évora foi inaugurada a 1 de Novembro de 1559, como Universidade do Espírito Santo. Foi entregue à Companhia de Jesus, que a dirigiu durante dois séculos.
O prestígio da Universidade de Évora durante os dois séculos da sua primeira fase de existência confundiu-se com o prestígio e o valor científico dos seus docentes. A ela estiveram ligados nomes relevantes da cultura portuguesa e espanhola.
Em 1759 foi encerrada por ordem do Marquês do Pombal, aquando da expulsão dos Jesuítas.
A partir da Segunda metade do século XIX, instalou-se no nobre edifício henriquino o Liceu de Évora, ao qual a rainha Dona Maria II concedeu a prerrogativa do uso de "capa e batina", em atenção à tradição universitária da cidade e do edifício.
Em 1973, por decreto do então ministro da Educação, José Veiga Simão, foi criado o Instituto Universitário de Évora que viria a ser extinto em 1979, para dar lugar à nova Universidade de Évora.